关于那烂陀寺如何被毁的传说有很多，但被目击者用文字记录下来的事实只有一个。
这是一个悲剧。记录在13世纪藏族僧人恰译师曲吉贝的传记中。
“那烂陀”这个名字的含义，历史上众说纷纭。
法显说
法显到印度的时候还没有后来的那烂陀寺，但他当时已经来到了那烂陀当时所在的地方。《法显传》中说：
從此西南行一由延，到那羅聚落，是舍利弗本生村。舍利弗還於此村中般泥洹，即此處起塔，今亦現在。從此西行一由延到王舍新城。《高僧法显传》
由舍利弗塔和到王舍城的距离来判断，此处就是后来的那烂陀寺。当时这里叫做“那罗”，即nāla，意为莲花茎。据此有学者判断nālandā即“施莲花”之意。
玄奘说
玄奘到那烂陀的时候，从当地老人那里听闻“那烂陀”是龙的名字，但他自己认为其实是佛陀过去作菩萨时的名字：
城南門外，道左有窣堵波，如來於此說法及度羅怙羅。從此北行三十餘里，至那爛陀(唐言施無厭)僧伽藍。聞之耆舊曰：此伽藍南菴沒羅林中有池，其龍名那爛陀，傍建伽藍，因取為稱。從其實義，是如來在昔修菩薩行，為大國王，建都此地，悲愍眾生，好樂周給，時美其德，號施無厭，由是伽藍因以為稱。《大唐西域记》
所谓“施无厌”，就是na-alaṃ-dā，乐善好施(dā)，无有(na)满足(alam)，组成复合词为nālandā。
义净说
义净在那烂陀学习了十年，他也认为“那烂陀”是龙名，但和玄奘的解词不同：
此是“室利那爛陀莫訶毘訶羅”樣，唐譯云“吉祥神龍大住處”也。西國凡喚君王及大官屬并大寺舍，皆先云“室利”，意取吉祥尊貴之義。“那爛陀”乃是龍名，近此有龍名那伽爛陀，故以為號。“毘訶羅”是住處義，比云寺者，不是正翻。《大唐西域求法高僧传》
他记载那烂陀的全名是“室利那烂陀莫诃毘诃罗（Śrī-nālandā-mahā-vihāra）”，这和那烂陀寺出土的泥印一致。但他说“那烂陀”源自龙名“那伽烂陀”，“那伽(nāga)”是龙，“烂陀(landā)”是龙的名字，nāga-landa缩略为nālandā。
那烂陀寺遗址出土的泥印。上写：Śrī-Nālandā-Mahāvihārīya-Ārya-Bhikṣusaṃghasya（吉祥那烂陀大寺圣比丘僧之[印]），与义净的记载一致。
恰译师说
恰译师在13世纪来到那烂陀寺学习，他认为寺名源自国王的名字：
ནཱལེདྲ་ཞེས་པ་མིའི་དབང་པོ་སྔོན་རྒྱལ་པོས་བཞེངས་པས་སྡེ་སྐད་གྲགས། “那烂陀”，译为“人主”，过去国王所建，故名。《恰译师曲吉贝传》
按照他的记载，那烂陀的写法应该是nara-indra，连声为narendra，而不是nālanda。但梵语中的narendra在俗语中误写作nālandā也是有可能的。
这位恰译师来到印度的时候，印度佛教已经处在了消亡的边缘。阿底峡曾经住锡的超岩寺这时已经被毁了，而盛极一时的那烂陀寺也只剩下了不过70多人。当时这里有一位德高望重的高僧，名叫罗睺罗吉祥贤，已经年过九旬。那烂陀寺经历过几次被穆斯林的破坏，大部分区域已经残破，无人照管，剩下的这些僧人由一位婆罗门居士胜天（Jayadeva）和他的家人供养。
一日，一名穆斯林军官带兵驻进能飞聚落（Odantapurī），这里离那烂陀寺只有一天的路程。他扣押了那烂陀的施主胜天和家人，准备进攻那烂陀。胜天想办法找人打了口信给罗睺罗大师：
穆斯林军队已经来了，他们定要杀害你们，快逃吧！
罗睺罗大师说：
我已经90多岁了，跑与不跑都是一样。
而那烂陀其他的僧人在听到纷至沓来的穆斯林进攻的消息以后，纷纷抛下师父逃跑了。
这时，只有曲吉贝还留在大师身边。大师说：
你一个藏人，留在我这里是不明智的。所有的居民和僧人都已经逃跑了，你也跑吧！如果你不走，就会被杀掉！
曲吉贝回答道：
就算被杀，我也不走！
大师很高兴，对他说：
你恪守誓言责任重大！现在如果我愿意让你背我走，你肯吗？我们两个一起走吧！
于是曲吉贝背上罗睺罗大师，逃到了离那烂陀寺不远的一处尸陀林中，在那里有一尊智怙护法像极为灵验，帮他们躲过了300名穆斯林士兵的追击。
此后他们再也没有回到那烂陀寺，印度佛教史上最辉煌壮丽的大寺、佛教徒最高等的佛学殿堂就这样覆灭了！
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